Sustav Cisco akademija mrežnih tehnologija organiziran je hijerarhijski. Za određeno područje postoji jedna ili više regionalnih akademija koje pokreću lokalne akademije, a lokalne akademije školuju krajnje polaznike. Kroz Centar za obuku predavača Cisco akademije (CATC - Cisco Academy Training Center), Cisco školuje predavače regionalnih akademija, tj. osposobljava ih za uspostavu i provedbu nastave u lokalnim akademijama. Cisco centar za izobrazbu predavača zadužen je i za kontrolu kvalitete nastave u regionalnim Cisco akademijama. Za područje Hrvatske CATC je u Mađarskoj (Kando Polytechnic of Technology, Budimpešta) za CCNA program, dok je za ostale programe u Rumunskoj (Advanced Technology Consortium, Bukurešt).

Hrvatska akademska i istraživačka mreža CARNet prva je ovlaštena Regionalna Cisco akademija u Hrvatskoj. Regionalna akademija pruža potpunu podršku lokalnim akademijama, uključujući pomoć u uspostavi učionica s potrebnom opremom i izobrazbom predavača. Također, zadužena je za osiguranje razine kvalitete izobrazbe u svakoj pojedinoj lokalnoj akademiji. Regionalna akademija može istodobno biti i lokalna akademija i tada ima pravo školovanja krajnjih polaznika.

Lokalna akademija osigurava računalnu učionicu s dovoljnim brojem osobnih računala i Cisco komunikacijske opreme za izobrazbu kandidata, bira nastavnike koje školuje regionalna akademija i školuje krajnje korisnike prema programu CAMT. Preporuča se da za svakim računalom istodobno ne radi više od tri polaznika. Iako sve lokalne Cisco akademije rade po istom nastavnom programu, svaka akademija može prilagoditi program da najbolje odgovara strukturi njihovih polaznika, infrastrukturi i njihovim planovima za budućnost.

U Hrvatskoj zajedno s CARNetom program Cisco akademija mrežnih tehnologija izvodi se u 18 lokalnih Cisco akademija, a planira se pokretanje u još nekoliko ustanova diljem Hrvatske. Dinamika pokretanja nastave u ostalim ustanovama ovisi prije svega o financijskim mogućnostima opremanja laboratorija potrebnog za izvođenje praktičnog dijela nastave.